Første gang øerne ses nævnt er i kong Valdemars Jordebog fra 1231, hvor de er opført som "Oxenör minor et major". På det tidspunkt var store dele af Sønderjylland dækket af skove, mens øerne sandsynlig blev brugt som græsningsarealer til kreaturer - heraf navnet Okseøerne. Man ved at besætninger fra Duborg Slot, der lå ved Flensborg, græssede der i 1411.

I 1564 fik hertug Hans den Yngre tilskrevet øerne sammen med områderne ved Rude Kloster (Glücksburg). Munkene havde forladt klostret omkring 1540, men der var stadig en beværtning på stedet. Selve Rude by havde omkring 200 indbyggere, men Okseøerne stadig ubeboet.

Første person som er omtalt på øerne, bosatte sig der i slutningen af 1500-tallet og hed Claus. Ud over dette ved man ikke ret meget om de første beboere før 1664, hvor et formodentlig oldebarn af Claus - som også hed Claus - fik en søn ved navn Peter døbt i Holbøl Kirke.

Men fund fra stenalderen viser at der har været beboere der længe før den tid.

Lille Okseø
Omkring år 1800 blev her oprettet et gæstgiveri, som holdt åbent hvert år i sommerhalvåret. Den 13. november 1872 blev øerne ramt af en særdeles voldsom stormflod. Alle bygninger blev ødelagt, og stedet gik på tvangsauktion.

Øen gennemgik herefter en omskiftelig tilværelse indtil februar 1881, hvor advokat og notar Emil Ebsen fra Flensborg købte øen. Han ville bruge øen til sommerophold og startede med at omdanne den til en stor park med grusstier og bænke, samt store krukker og figurer i antik stil.

I 1919 overtager Rigmor Bardram Mayer øen, og har den frem til 1933, hvor hun sælger til den danske stat. Københavns Lærerforening købte øen i 1963, hvor de nu driver en lejrskole. Parken er forsvundet, og øen fremstår i dag som ret tilgroet. Bag skolebygningerne er der nu boldbane og græsplæne.

Store Okseø
Før stormfloden i november 1872 havde man her ernæret sig ved landbrug, fiskeri og bådebyggeri. Men med lukningen af gæstgiveriet på Lille Okseø blev der mulighed for endnu en beskæftigelse.
Meget tyder på, at der har været bådebyggeri på øen helt tilbage i begyndelsen af 1700-tallet. I 1830 solgtes øen fra gården "Frueskov", som ligger lidt øst for Sønderhav, og havde flere ejere indtil 1845, hvor skibstømrer Lorenz Isaack fra Strandrød ved Rinkenæs købte øen.  Isaack-familien ejede øen frem til 1982, men fortsatte som forpagtere. I 2003 forlod den sidste Isaack – Hans Christian Isaack – Store Okseø.
I 1982 blev Store Okseø solgt til det offentlige og ejes nu af Miljøministeriet, Sønderjyllands Amtskommune og Bov Kommune. Den daglige administration af øen er frem til juni år 2007 overdraget til Bov Kommune. Herefter overtog staten ved Skov- og Naturstyrelsen (Graasten Statsskovdistrikt) den fulde ejendomsret.

Store Okseø består i dag af et åbent land-skab på ca. 7½ ha., og hvor markerne atter bliver afgræsset får og kreaturer.

Der er anlagt en vandresti hele vejen rundt på højdedraget, der på det højeste sted når en højde på 18 meter over havets overflade.

Mod syd og øst er de ubeskyttede stejle lerskrænter stærkt påvirket af havets nedbrydning, og mod nordøst er der etableret en mindre kystsikring. Den skal beskytte strandvolden på det lave forland på øens nordside.

Stranden er stenfyldt, og der er gode muligheder for at finde forstenede søpindsvin m.m. Endvidere findes der mange Scolithus-sand-sten (Ormerørsandsten), som er ført hertil fra Syd-Sverige under den sidste istid.

På øerne yngler bl.a. strandskaden, men også svaner og ryler lægger deres æg her, så pas på i yngletiden: især strandskadens æg er svære at se mellem strandstenene.